Das im Bericht der Bund-Länder-Arbeitsgruppe Stiftungsrecht aus dem Jahr 2016 ursprünglich angedachte Recht des lebenden Stifters, die Satzung zu ändern, ist auch im aktuellen Referentenentwurf nicht enthalten. Der Stifter kann sich jedoch in der Errichtungssatzung selbst als zu Satzungsänderungen ermächtigtes Organ vorsehen. Hierfür muss er allerdings Inhalt und Ausmaß der Änderungsermächtigung bereits im Zeitpunkt der Errichtung hinreichend bestimmt festlegen. Dies soll die Stiftung vor Interessenverschiebungen ihrer Errichter schützen und ihre eigene unverfügbare Rechtspersönlichkeit unterstreichen.
Zulegung und Zusammenlegung von Stiftungen werden umfangreich geregelt. Gegen den Willen des Stifters der übertragenden Stiftung oder des Stifters der übernehmenden Stiftung darf eine Zulegung nicht von den Stiftungsvorständen vereinbart oder von der zuständigen Behörde angeordnet werden. Es wird klargestellt, dass es bei diesen Umwandlungsmaßnahmen zur Gesamtrechtsnachfolge kommt.
Auflösung durch die Organe und Aufhebung durch die Behörde werden ausdrücklich unterschieden. Beide setzen grundsätzlich voraus, dass die dauernde und nachhaltige Erfüllung ihres Zwecks endgültig unmöglich ist. Der Entwurf sieht vor, dass der Anfallberechtigte in der Stiftungssatzung künftig auch in der Weise bestimmt werden kann, dass die konkrete Benennung durch ein Stiftungsorgan erfolgt. Damit erfolgt eine Angleichung an die gemeinnützigkeitsrechtlichen Möglichkeiten.
Die Strukturänderung durch die Organe soll jeweils Vorrang vor einer entsprechenden Maßnahme der Stiftungsbehörde haben. Teilweise soll der Stifter im Stiftungsgeschäft abweichende Regelungen treffen können, allerdings nicht zur Auflösung. Wie sich das Verhältnis zwischen Zweckänderung und Zulegung und Zusammenlegung in der Praxis austarieren würde, bleibt abzuwarten. Alle Strukturänderungen sollen wie bisher nur mit Genehmigung der Stiftungsbehörde wirksam sein.
Der Reformentwurf sieht ein beim Bundesamt der Justiz angesiedeltes zentrales Stiftungsregister mit Publizitätswirkung vor, in das jedermann Einsicht nehmen können soll. Für die Einrichtung des Registers sieht der Entwurf einen gewissen Zeitrahmen vor. Sollte das Gesetzgebungsverfahren noch in diesem Jahr abgeschlossen werden, kann mit dem Stiftungsregister nicht vor Anfang 2024 gerechnet werden.